Nat. Methods | 使用改造的RNA脱氨酶实现RNA分子记录

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分享一篇Nature Methods上的文章RNA molecular recording with an engineered RNA deaminase,本文通讯作者是来自UCSFStephen N. Floor教授,其研究方向为RNA生物学。

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  RNA结合蛋白(RBP)对调节基因表达至关重要,测定RBP结合RNA哪个位点对于理解其如何调控RNA具有重要意义。现有的在细胞中检测RBP结合位点的方法需要使用RNaseRNA切割成小片段,使得无法识别出其结合的RNA完整序列。后来人们则发展了利用RNA脱氨酶的方法以在单分子水平检测RBP-RNA相互作用,同时区分RNA亚型的方法。但这些方法中RNA脱氨酶的性能不是很理想。

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本文中作者使用了定向进化的方法发展了高性的RNA腺嘌呤脱氨酶rABE,能使RNAA转化为I,在细胞中表达并没有观察到明显的毒性与背景标记,并且具有很小的序列依赖性。作者也发展了严格的计算方法以识别测序数据中的编辑位点,即在所有重复中均相对背景有明显的编辑才识别为编辑位点,也可除去单碱基多态性及自然发生的A-I转变。整个方法称为REMORA

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为了测试方法的可靠性,作者将rABE与研究较为成熟的RBP Rbfox2融合表达,最终发现了487个基因上4662A-I的编辑事件。此前的方法hyperTRIBEAPOBEC1则只能发现3381587个编辑事件,并且hyperTRIBE有明显的双链RNA区域的偏好性。在PUM1的应用上,REMORA也发现了亚型特异的结合事件。


本文作者:JGG
责任编辑:FTY
原文链接:

https://www.nature.com/articles/s41592-023-02046-z

文章引用:DOI10.1038/s41592-023-02046-z


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