分享一篇Nature Methods上的文章RNA molecular recording with an engineered RNA deaminase,本文通讯作者是来自UCSF的Stephen N. Floor教授,其研究方向为RNA生物学。 RNA结合蛋白(RBP)对调节基因表达至关重要,测定RBP结合RNA哪个位点对于理解其如何调控RNA具有重要意义。现有的在细胞中检测RBP结合位点的方法需要使用RNase将RNA切割成小片段,使得无法识别出其结合的RNA完整序列。后来人们则发展了利用RNA脱氨酶的方法以在单分子水平检测RBP-RNA相互作用,同时区分RNA亚型的方法。但这些方法中RNA脱氨酶的性能不是很理想。
本文中作者使用了定向进化的方法发展了高性的RNA腺嘌呤脱氨酶rABE,能使RNA的A转化为I,在细胞中表达并没有观察到明显的毒性与背景标记,并且具有很小的序列依赖性。作者也发展了严格的计算方法以识别测序数据中的编辑位点,即在所有重复中均相对背景有明显的编辑才识别为编辑位点,也可除去单碱基多态性及自然发生的A-I转变。整个方法称为REMORA。
为了测试方法的可靠性,作者将rABE与研究较为成熟的RBP Rbfox2融合表达,最终发现了487个基因上4662个A-I的编辑事件。此前的方法hyperTRIBE、APOBEC1则只能发现338、1587个编辑事件,并且hyperTRIBE有明显的双链RNA区域的偏好性。在PUM1的应用上,REMORA也发现了亚型特异的结合事件。
https://www.nature.com/articles/s41592-023-02046-z
文章引用:DOI:10.1038/s41592-023-02046-z
目前评论: