Nat. Commun. | 新型共定位检测方法用于识别和表征直接的蛋白质-蛋白质相互作用

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分享一篇发表在Nature Communications上的文章,题目为“ReLo is a simple and rapid colocalization assay to identify and characterize direct protein–protein interactions”,通讯作者是来自德国海德堡大学生物化学中心的Mandy Jeske,她的主要研究方向是piRNA的生物发生机制和其与蛋白质的调控作用。

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本文中,作者开发了一种基于活细胞培养的方法,通过蛋白-蛋白相互作用介导的易位共定位,识别和表征一对一的蛋白-蛋白相互作用,称为“ReLo”。其基本操作和原理如下:将感兴趣的两种待检测感兴趣蛋白分别融合到红色荧光蛋白(mCherry)和绿色荧光蛋白(mEGFP)上,重要的是,其中mCherry构建体携带了膜锚定蛋白结构域(MA),导致融合蛋白的亚细胞膜定位。若两种待测蛋白存在相互作用,第二种蛋白质将与膜上的锚定蛋白质共定位,出现在质膜或内质网上,即可通过共聚焦显微镜定性观测。
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随后,作者将ReLo应用于蛋白-蛋白相互作用在蛋白质构象、翻译后修饰和药物敏感性调控等情景下的变化检测。(1)Oskar和Vasa之间的相互作用取决于Vasa的构象,Vasa可以通过结合-非结合底物呈现出闭合-开放两种构象,作者通过对Vasa的点突变构建出稳定的开放和闭合构象的蛋白亚型,发现Oskar优先与Vasa的开放构象结合;(2)蛋白质精氨酸甲基化(sDMA)由蛋白精氨酸甲基转移酶 (PRMT)催化,作者通过调控Aub上sDMA修饰,发现其与Tudor的相互作用与sDMA修饰直接相关;(3)向细胞培养环境中添加小分子药物可能对特定的蛋白-蛋白相互作用产生促进或抑制作用,作者使用雷帕霉素验证了FKBP12和FRB间的药物依赖性相互作用,且发现nutlin-3可以抑制p53-MDM2间的相互作用。这些应用实例说明ReLo可以用于检测蛋白质构象或翻译后修饰依赖性的相互作用,并可以用于小分子药物筛选。
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作者还使用CCR4-NOT 复合物作为模型,验证了各个亚基之间的相互作用。在结果中,作者只观察到先前被证明表现出直接关联的蛋白质之间的相互作用,而非间接连接组合之间的相互作用,说明该方法具有区分直接相互作用的能力。
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总的来说,本文开发了一种新型的基于共定位的检测方法用于评估蛋白-蛋白相互作用,该方法操作简便快速,且适用于大分子量、无序、和不稳定的蛋白质。

本文作者:FTY
责任编辑:LYC
原文链接:https://www.nature.com/articles/s41467-024-47233-4
原文引用:10.1038/s41467-024-47233-4

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